浩鼎案涉不法獲利9300萬 翁啟惠貪汙罪起訴
翁啟惠批檢方濫訴 將全力捍衛自己清白
翁啟惠是首位因涉貪被起訴的中研院院長。翁啟惠隨即發表聲明批檢方濫行起訴，並表示深感震驚與憤慨，他一心貢獻家鄉，不料受此屈辱，嚴重斲傷他的學術聲譽，將全力捍衛自己清白。
檢方還認定，張念慈和浩鼎副董事長許友恭、研發長游丞德、總經理黃秀美、總管理處協理廖宗智等五人，在知悉新藥解盲失敗、但未公布前就賣股，依違反證券交易法內線交易罪嫌起訴；翁啟惠幫女兒賣股部分則獲不起訴。
檢方起訴指出，翁啟惠和張念慈一九七九年在美國麻省理工學院就學時相識，一九九九年兩人在美設立Optimer公司，後來在台成立的浩鼎為Optimer子公司。張擔任浩鼎董事長，從事抗乳癌新藥OBI-822研發工作。二○○三年翁辭去美國Optimer公司董事等相關職務，返國擔任中研院基因體研究中心主任，三年後接任院長。
「我沒有買浩鼎股」事後被踢爆女兒持有
去年二月廿一日，浩鼎召開記者會稱OBI-822主要療效指標未呈現統計學上顯著意義，市場解讀新藥「失敗」，當時翁啟惠替浩鼎「說好話」稱：「我從未看過這麼漂亮的數據。」並認為臨床試驗成功。翁當時稱「我沒有買浩鼎股票」，事後被踢爆女兒翁郁琇持有浩鼎股票。
起訴指出，抗癌疫苗的重要材料Globo H醣分子製造成本每公克二百萬美元，生產步驟繁複，張念慈為降低成本，以浩鼎一千五百張技術股為對價，交換中研院研究醣分子生產方法的成果。翁當時答應，但因經濟部對發行技術股有疑義，計畫中斷。
張念慈為及早獲得技術，二○一二年十二月再以三千張浩鼎股票行賄翁啟惠，翁透過女兒翁郁琇帳戶收受，並利用院長職權徵求「新一代酵素合成寡糖技術」專屬技術授權公告後，開始與浩鼎合作。
翁郁琇三百萬股 實際操作者都是翁啟惠
起訴指出，翁啟惠主導中研院與張念慈妻子名下的潤雅生技公司簽訂備忘錄，並允許潤雅員工無償到中研院學習技術，潤雅在沒簽署授權契約情況下，取得酵素合成法技術；翁後來又主導私行交付中研院研發產製的醣分子供浩鼎使用，直到二○一四年四月廿三日解除備忘錄前，潤雅均未支付任何費用給中研院。
士檢去年四月搜索浩鼎等相關處所，扣得翁啟惠以女兒名義認購浩鼎股票的資金進出憑證，發現這些購股資金是張念慈代為出資，翁郁琇名下持有浩鼎三百萬股，但她帳戶從開戶到實際操作者都是翁啟惠。
最高學術機關院長 有負所託求適當之刑
起訴書指責翁身為國家最高學術機關中研院院長，不思國家與人民所託之遵守法度、善盡職責，卻為了一己之私違背公務員廉潔義務，有負國家和人民所託，敗壞官箴，為了維護法治和綱紀，請求士林地方法院量處適當之刑。
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