國科會昨日彙整三個矛盾問題，呼籲檢調重新衡量起訴標準。一，私立大學教授不是公務員，若涉案就不涉及貪汙罪，形成公私立大學教授同罪不同罰的矛盾。二，曾有教授利用研究生當人頭，詐領國科會研究經費，把錢放進自己口袋，情節比「公款公用」更嚴重，卻被以刑責較輕的詐欺和偽造文書起訴，造成重罪輕罰的矛盾。三，產學合作企業捐贈研究經費若未報繳校務基金，就不必依政府採購法辦理；但教授若自動報繳校務基金，就必須依採購法辦理，也造成誠實申報有罪的矛盾。
國科會高層官員直言，使用假發票買Ａ報Ｂ，在學術界非常普遍，很多教授已因此從去年五月起陸續被檢調約談，涉案學者在不知道檢調偵辦到底會如何結案的情形下，最近幾個月寢食難安，這種等待判決的心情，對他們是難以形容的煎熬。尤其最近看到彰化地檢署把涉及「假發票」全部用貪汙罪起訴後，「我真的不曉得他們要怎麼繼續專心做研究？」
官員強調，少數把錢放在自己口袋的學者，「我們不會幫他們求情」。但國科會希望檢調能對「公款公用」，沒有私吞研究經費的學者法外施恩，因為買Ａ報Ｂ，在學術界真的是非常普遍的現象。如果去問某個學者有沒有這麼做，他都會說：「我沒有！」但馬上又會補一句：「我知道很多人都這麼做！」
國科會決策官員透露，就他所知，數理工醫領域大概有七到八成學者曾使用過「假發票」，就看這次檢調能夠從元霖企業和國揚儀器等「學術採購服務業者」的公司帳查出多少人。大多數學者雖然都有使用「假發票」經驗，很多學者碰到不能報帳的項目，還是會自己掏錢做研究。
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